Il trattamento vero e proprio viene di solito preceduto da un colloquio di pochi minuti che permette all'operatore e al ricevente di identificare il problema e programmare le vari fasi del trattamento. Durante il trattamento vero e proprio il dialogo tra operatore e ricevente continua ad altri livelli: non si comunica più con le parole, infatti, ma attraverso il contatto pressorio intenso, consapevole e profondo delle mani sul corpo. Il ricevente viene fatto sdraiare comodamente a terra, su un apposito materassino; questo gli permetterà di abbandonarsi completamente, lasciando andare ogni tensione, senza sentirsi sospeso o preoccupato di cadere, come potrebbe accadere su un lettino. Anche l'operatore in questa condizione potrà lavorare più agevolmente, avendo a disposizione lo spazio necessario per mettere in atto le sue tecniche e sistemando il corpo di chi riceve nelle posizioni più idonee. Diverse sono infatti le posizioni che, a seconda delle necessità del trattamento, possono essere fatte assumere a terra dal ricevente: sdraiato prono o supino, disteso su un fianco, ma anche seduto per alcune particolari manovre sul collo e sulle spalle. Al termine del trattamento il ricevente rimarrà ancora alcuni minuti sdraiato, in uno stato di piacevole abbandono, così da permettere agli effetti benefici dello Shiatsu di continuare la loro azione profonda, mentre il corpo lentamente e gradualmente riprende il contatto con la realtà circostante. Prima di essere congedato, al ricevente verranno forniti alcuni utili consigli per migliorare la sua condizione di salute e per mantenere nel tempo i benefici ottenuti con la seduta.